L'église Saint-Denis est devenue en 1802 l'église paroissiale de Crépy. Avec celle de Bouillant, c'est la mieux conservée des nombreux édifices religieux qui s'élevaient à Crépy.
Certains historiens y voient, à ses débuts, la chapelle castrale du premier château de Crépy. L'élément le plus ancien de l'église actuelle est sa nef, du XIIe siècle.
Elle subit d'importants dégâts au XVe siècle. Au XVIe siècle, de grands travaux lui donnent l'aspect qu'on lui connaît aujourd'hui : le chœur est reconstruit, la voûte en berceau de la nef refaite et le sol du chœur repavé. La façade et sa rosace sont reprises en 1844, et le clocher reconstruit en 1852.
Vendue comme bien national pendant la Révolution française, elle est transformée en magasin à fourrage, puis achetée aux enchères par des bourgeois crépynois qui la sauvent et la rendent au culte catholique en 1803.
