L'église Sainte-Agathe fut vraisemblablement la première église paroissiale de Crépy.
Elle a probablement été construite à la fin du Xe siècle, sur le versant opposé au château, au milieu des habitations qui s'étendaient jusque dans la vallée. Brûlée par les Anglais, elle est réparée en 1434 ; sa flèche est alors reconstruite, avec des pierres taillées en « écailles de poisson ». Le presbytère, en partie détruit pendant les guerres de Religion, est transféré en 1616 à côté du château, où il devient ensuite une maison particulière.
Vendue comme bien national à la Révolution, avec le cimetière qui l'entourait, l'église est détruite. Il n'en reste aujourd'hui que cinq arcades, situées dans une propriété privée mais visibles depuis la terrasse du château.